La temperatura tropical, las intensas lluvias y la alta humedad hacen de la cuenca del Pacífico una de las zonas más biodiversas del mundo. El ecosistema predominante en esta región es la selva húmeda tropical.
Debido a sus características geológicas, la elevación de la cordillera de los Andes aisló las biotas del Pacífico de las del Magdalena y el Amazonas, lo que promovió la aparición de especies únicas, favorecidas a su vez por el intercambio de organismos del sur y del norte de América.
Una de las principales características de la región es la intensa precipitación anual, que es una de las más altas del mundo, aunque en algunas zonas llueve más que en otras. Por ejemplo, en la zona sur llueve un promedio de 2.000 mm al año, en el centro 4.100 mm y al norte puede llegar a 5.600 mm.