En 1763, cuatro años antes de que fueran expulsados los reverendos padres de la Compañía de Jesús de los Aposentos de Villavieja, los habitantes del lugar se habían dirigido al señor arzobispo metropolitano de la Santa Iglesia Catedral de Santafé, don José Javier de Araus, para que su capilla y vecindario fuera erigido en Parroquia: «Nos dirigimos para decirle y rogarle que nos separe de la ciudad de Neyva por la distancia de ocho horas que hay para ir a ella, como porque en invierno salen de madre los tres ríos que son: Villavieja, Fortalecillas y Seyvas (...) nos mande cura perenne, nos comprometemos a sostener la decencia del señor Cura, a mantener encendida con aceyte la lámpara del Santísimo y los demás gastos que vengan de la Capilla y el culto». Sin embargo, el ilustrísimo señor Araus murió un año más tarde dejando el memorial y el anhelo de los villavejeños en el archivo de la Catedral de Bogotá.
No fue sino hasta 1795 cuando se dictó el decreto por el cual «la capilla y tierras (...) se desmembren de la iglesia matriz de la dicha ciudad de Neyva, y que desmembradas se erijan en parroquia de por sí e independiente en todo de dicha iglesia de Neyva». Aunque a principios del siglo XIX la capilla estaba ya en peligro de desplomarse, sólo en 1822 se inició la construcción de la nueva capilla en los terrenos otorgados para tal fin por la señora Josefa Gertrudis Rivas de Vargas y Vargas. Don José María Herrera fue nombrado tesorero general y director de la obra. Los jornales se pagaron con las limosnas de los vecinos.
En una carta enviada al arzobispo metropolitano don José Mosquera al terminar la iglesia en 1842, don José María Herrera le explica las dificultades de la construcción: "Ardua y difícil empresa por todos aspectos, sin capacidad, sin inteligencia, sin conocimientos, sin fondo, y sin otros árbitros que la piedad de los fieles y las buenas intenciones emprendí el trabajo (...) el estado continuo de las agitaciones políticas, las conscripciones militares, las guerras intestinas, las alarmas, el terror y ansiedad de los vecinos, sobre todo las ruinas de las fortunas individuales por las interrupciones inevitables del comercio y de toda la industria; y por sobre cargo de las contribuciones fiscales, han sido otras tantas barreras inexpugnables para llegar tan tarde al deseado fin de la obra de un templo sólido, capaz y digno en cuanto ha sido posible".
Fueron pagados al señor Herrera 435 pesos, 2 reales y un cuarto por la construcción de esta capilla de una sola nave, de muros de tapia pisada y cubierta de teja a dos aguas y sin ornamentos en su interior. Éste, sin embargo, tomó 100 pesos, obsequiando el resto a la iglesia, por lo que fue nuevamente agradecido.