El edificio, cuyo diseño se atribuye al maestro Simón González, fue muestra fiel a la tendencia de austeridad y sobriedad que establecía la Iglesia hasta mediados del siglo XIX cuando ocurre la exclaustración definitiva del convento y el edificio sufre varias reformas. La configuración, la distribución y la forma de los elementos, son casi idénticos a la mayoría de los claustros conventuales de la época. La iglesia de una sola nave, tiene una planta rectangular y un arco toral que limita al presbiterio, apoyado con contrafuertes exteriores. Al lado opuesto se hallaba el coro aislado con una reja de celosía y en el sotocoro se construyó en 1774 una cripta para sepultar a las monjas abadesas. Como el convento se encontraba frente al mar abierto, era blanco de las olas cada vez que se desataba una tempestad, de esta manera los muros del convento sufrieron innumerables daños hasta finales del siglo XVIII, momento en el cual se consolidaron definitivamente las murallas que arman el frente del convento sobre el mar. El decreto de expropiación de bienes de manos muertas expedido en 1862 implicó el fin de los conventos de clausura.

Santa Clara se destinó en un primer lugar a penitenciaría, uso que trajo consigo el deterioro de buena parte del convento, y en 1884 se convirtió en la sede del Hospital de Caridad a cargo de las monjas de la Presentación del convento de Santa Teresa. Las dependencias del hospital se instalaron en la parte del claustro mejor conservada como eran las crujías del patio trasero, antiguo huerto. El claustro central se destinaría despues de su reparación a una escuela y casa de huérfanos. Las obras de reconstrucción y reparación al estilo republicano le dieron al convento una nueva imagen. En 1919 el arquitecto francés Gastón Lelarge fue contratado para realizar una serie de intervenciones sobre el costado de la Calle del Curato y el cuerpo central del convento. Luego, en 1920 el ingeniero Simón Gómez reformó el tercer piso y la portada sobre la Calle del Torno. Finalmente, hacia los años cincuenta se construyó un anfiteatro y se hizo una ampliación del tercer piso sobre la crujía central. El hospital fue trasladado a Zaragocilla en 1974. Desde 1983 se repartieron el edificio, mientras este se iba acercando cada vez más a la ruina,  algunas dependencias de medicina legal, algunas aulas de la facultad de medicina de la Universidad de Cartagena, algunos talleres de la Escuela de Bellas Artes y las oficinas de la liga Departamental de Beisbol. El edificio fue restaurado en los años noventa y es ahora sede de un hotel, el Hotel Santa Clara.