Por la muerte de Tisquesusa usurpó el trono de los zipas su sobrino y capitán general Saquesaxigua ¹⁸⁶, atropellando los derechos que a él tenía el cacique de Chía. Era el más hábil general del ejército de Bacatá, astuto, liberal, de presencia agradable, muy respetado, y acostumbrado, como su tío, a ejercer despóticamente la autoridad. Empezó por hacer guerra tenaz a los españoles, inquietándolos con asaltos continuos. Dos insignes caballeros de sangre real, Cuximinpaba y Cuxinimegua, le hacían oposición, murmurando abiertamente de él. Temeroso de perder el poder, determinó hacer la paz con los españoles. Púsose en camino acompañado de la gente principal de la corte, con muchos criados cargados de regalos consistentes en finas mantas, ricas joyas de oro y esmeraldas. Siguieron adelante los mensajeros a anunciar su venida al licenciado, quien los recibió con agrado y envió a su encuentro algunos de sus principales capitanes. Fue muy cordial la recepción, túvose por magnífico el presente "que fue de las ganancias crecimiento," y el zipa dio vasallaje y obediencia al rey de las Españas, en las manos de Jiménez de Quesada. Poco después atacaron a los Panches las fuerzas unidas de los dos jefes amigos, y les dieron sangrienta batalla.
Con este triunfo creyó Saquesaxigua llegar al colmo de la prosperidad y reducir a sus rivales a la impotencia. No sospechaba en medio de las fiestas que le dieron sus súbditos en Bojacá, que muy pronto se le condenaría a un fin afrentoso. Acercóse Cuximinpaba con mucha cautela a Hernán Pérez de Quesada, y le aseguró que Saquesaxigua era usurpador, cosa que los españoles ignoraban, y que además se había hecho dueño del tesoro del bacatá. Hernán Pérez firmó con algunos de sus compañeros de armas, tan codiciosos como él, un escrito dirigido a su hermano el licenciado, en el que le pedía que lo mandara prender y reducir a prisión hasta que entregara las riquezas de su rebelde predecesor.
Quesada hizo conducir al zipa preso a Bogotá, e intentó persuadirle a que entregara los tesoros que tenía escondidos, que no eran de él sino del rebelde Tisquesusa, para que gozara de su libertad y conservara el poder sin que nadie pudiese arrebatárselo. Ofreció Saquesaxigua entregar todo el oro que tuviera, siempre que se le dieran cuarenta días de término para recogerlo pues alegó que lo tenía repartido entre varias de sus gentes. Convínose en ello, y entonces llamó a algunos vasallos de toda su confianza y les dio órdenes secretas. Cada día traían una carga de joyas y láminas de oro envueltas en una manta, las que producían muy agradable sonido metálico para los oídos españoles. Treinta y seis indios cubiertos de galanas telas acompañaban al que llevaba la carga. Pasaban por el aposento del zipa a otro cuarto, donde había instado a los hijos del Sol que no mirasen hasta el último día; caía la carga al suelo con sonoro golpe, y luego cada indio echaba disimuladamente parte de las joyas en una mochila que tenía oculta bajo la manta. Transcurrieron los cuarenta días sin que el infortunado príncipe hubiese hallado ocasión de fugarse, que era lo que intentaba. Entraron los españoles llenos de alborozo al cuarto donde esperaban hallar depositadas grandes riquezas. Mudos de cólera salieron de allí, y llenos de asombro de burla tan cruel. Quesada no pudo contener su indignación, y mandó poner en duras prisiones al autor del engaño, no sin amenazarlo y hacerle dar algunos palos.
El zipa, que era muy astuto, logró convencer al licenciado de que los de la burla habían sido sus dos mortales enemigos: Quiximinpaba y Quixinimegua; que eran ellos quienes se habían puesto de acuerdo con los indios que acompañaban la carga de joyas de oro para que la sacaran otra vez repartida. Prendidos los dos usaques inocentes, fueron puestos en tormento. Nada pudieron revelar respecto de la existencia del tesoro, y sin más prueba que la acusación de su rival, fueron condenados al suplicio de la horca.
Requirió Hernán Pérez a su hermano para que se averiguase de Saquesaxigua por medio del tormento lo que con los halagos había ocultado hasta entonces. Después de haber seguido proceso, que duró muchos días; fue sometido al tormento de tracto de cuerda. Ejecutábase este castigo atando a la víctima las manos por detrás, y colgándola por ellas de una cuerda que pasaba por una garrucha, con la cual la levantaban en alto y después la dejaban caer de golpe, sin que llegase al suelo.
"Le dieren tres tractos de cuerda la primera vez, y después quando se le reiteró el tormento otros tres; y aunque en ellos siempre prometía de dar el oro, nunca lo dio. Desde a un mes, como era hombre delicado y se veía afligido con la prisión y tristeza, murió." ¹⁸⁷
¡Mancha indeleble dejó la muerte cruel del último zipa en la simpática memoria del conquistador de los Chibchas! Olvidó la mansedumbre y la templanza que inspiraban sus actos. "Quien leyere este suceso en el Compendio historial que escribió el mismo Adelantado, tendrá bien que lamentarse del sentimiento y dolor con que confiesa haber cooperado a la injusticia con el fin de complacer a su gente, de suerte que la obligase a informar con tanto aplauso de sus hazañas que por ellas consiguiese el gobierno perpetuo del Nuevo Reino." ¹⁸⁸
Al zaque Quemuenchatocha sucedió su sobrino Aquiminzaque ¹⁸⁹ en el gobierno nominal de los hunsas, pues los españoles disponían del poder. Convirtióse muy de veras al Catolicismo hacia 1541. Dispuso casarse conforme a los ritos de la Iglesia con una hija del elector de Gámeza. Invitó a la ciudad de Tunja a los caciques que le estaban sometidos, y a numerosos amigos. Inmenso concurso de indios llenó, la ciudad. Alarmáronse Hernán Pérez y sus compañeros, entre quienes se hallaban algunos de los que vinieron con Federmán y Belalcázar de Venezuela y de Quito acostumbrados a tener en poco la vida de los indios. Hablóse de gran peligro, de levantamiento general, y muchos lograron convencer a Hernán Pérez de que era preciso hacer un castigo ejemplar quitando la vida al zaque y a los principales caciques, y aunque otros hablaban en favor de ellos, hizo reducir a prisión a Aquiminzaque, los caciques de Toca, Motavita, Samacá, Turmequé, Boyacá y Suta y otros señores y capitanes. Todos fueron condenados a ser degollados en la plaza pública como traidores. ¹⁹⁰ Tenía el zaque veintidós años de edad, estaba dotado de clara inteligencia y de un exterior agradable. Respondió con entereza de rey al escribano que le leyó la sentencia: "Decid al capitán mayor que de más a más le debo este beneficio que hoy me hace de quitarme la vida, y que pues me hizo cristiano cuando me quitó este reino temporal, no me apresure tanto la muerte, que por su culpa pierda el eterno." Fue sacado de la prisión en una mula enlutada, y en el lugar del suplicio hizo profesión de la fe católica y se puso a merced del verdugo.
Siguió Hernán Pérez acompañado de su hermano Francisco a la jornada del Dorado. A su regreso los sometió a juicio D. Alonso Luis de Lugo, y fueron desterrados lejos de las Indias. Regresaban más tarde a Cartagena, y hallándose a bordo de una nave pronta a zarpar en el cabo de la Vela, se nubló el cielo, cruzaron la atmósfera relámpagos y rayos, y uno de estos mató a los dos Quesadas, sentados frente a frente en una mesa de juego.
Al desgraciado Tundama muerto por Baltasar Maldonado sucedió su sobrino, a quien bautizó con el nombre de Juan el primer Arzobispo del Nuevo Reino, Fray Juan de los Barrios. El infame oidor de la Audiencia Andrés Cortés de Mesa usó de excesivo rigor con él para que le dijese dónde tenía oculto su tesoro. Hízolo pasear desnudo las calles ocupadas por sus vasallos, con las manos atadas atrás y soga puesta al cuello. Fue tal el sentimiento que causó esta afrenta al cacique, que se ahorcó dentro de su casa. Poco después fue condenado Cortés de Mesa a la pena de degüello, que sufrió en Bogotá por este delito y por haber dado alevosa muerte a Juan de los Ríos.
Terminada la conquista después de haber vencido la tenaz resistencia de algunos caciques que se retiraron con sus vasallos, sus familias y sus haberes a peñones de difícil acceso, quedaron incorporados los Chibchas en la extensa nación que se formó pocos años después con el nombre de Nuevo Reino de Granada. Ningún otro de los primitivos pueblos que ocupaban su territorio logró resistir mejor que él a las causas de destrucción, inherentes a la conquista. No se vio sometido al duro trabajo de las minas, ni a las faenas de la navegación. Jamás se rebeló contra el yugo que le impusieron los hijos del Sol. Pasó los tres siglos de la colonia labrando la tierra que le dio siempre el sustento. Sirvió en los ejércitos de los patriotas que consumaron la obra de nuestra Independencia nacional, con abnegación y valor.
Con absoluta imparcialidad hemos pintado las virtudes y los vicios de los Chibchas. Sus descendientes son hoy ciudadanos libres y forman un elemento esencial de la Nación, elemento de trabajo, de fuerza y de orden, pues ni germina entre ellos el espíritu de rebelión, ni conocen la envidia que engendran las rivalidades de raza. Sirven en el ejército como soldados disciplinados; son sumisos a las autoridades, sufridos y valerosos, y se ocupan en trabajos agrícolas.
Harán muy bien nuestros gobiernos si procuran levantar el nivel intelectual y moral de los descendientes de los primitivos habitantes del centro de la República; las felices cualidades que los distinguieron siempre, son del número de aquellas que contribuyen más a la conservación del bien inestimable de la paz nacional.