Es casi seguro, sin embargo, que sin la extraordinaria actividad y expediente del capitán Luis Manjarrés, que era el brazo derecho de Lebrón en esta expedición, secundado por el adalid Sebastián Millán, el Gobernador se habría visto obligado á retroceder de las sierras de Atún sin haber pisado los umbrales del Reino. Llegó por fin á Vélez, á fines de 1540, en donde fué recibido por las autoridades municipales como legítimo Gobernador.

Luego que Hernán Pérez de Quesada supo este suceso, le despachó mensajeros, vedándole que pasara adelante, si no traía despachos reales como gobernador del Nuevo Reino de Granada; pues en su opinión no bastaba el título de Gobernador de Santa Marta, expedido por la Audiencia de Santo Domingo para que él pudiese entregarle el mando de las nuevas y apartadas regiones descubiertas por su hermano. Alteróse Lebrón con el mensaje, é invitado por Quesada para pasar á Tunja, en donde esperaba arreglarían sus diferencias, verificó su marcha al frente de doscientos infantes y ciento de á caballo, pues aunque perdió un número considerable de soldados en la jornada de Santa Marta á Vélez, los vecinos de esta última engrosaron las filas. A poca distancia de Tunja halló á Quesada acampado en la orilla de una quebrada, con un número igual de combatientes; unos y otros se dispusieron á la pelea viendo que de nada servían las notificaciones de escribanos que se cruzaban de un campo á otro. Las lomas vecinas aparecían cubiertas de indígenas, movidos por la curiosidad, y quizás deseosos de que sus opresores se destruyeran entre sí. La prudencia de Gonzalo Suárez Rondón, Justicia mayor del Reino, provocó una entrevista particular de los dos jefes, y en ella la urbanidad y el respeto que mostró el astuto Quesada á Lebrón, y la firmeza con que insistió en que se oyese, el parecer de los dos Cabildos, de Santa Fe y de Tunja, y se estuviese por su decisión, doblaron la voluntad de Lebrón. De antemano sabía Quesada cuál sería la resolución de aquellos ayuntamientos, cuyos miembros, siendo de los más favorecidos en los repartimientos de indios, temían la introducción de una nueva autoridad que pudiera anularlos. 

Hubo pues de contentarse el Gobernador de Santa Marta con la razonable cantidad de oro y esmeraldas que le produjo la venta de sus caballos, esclavos, ropas, armas, etc., que por la escasez de estos artículos se vendían á precios extraordinarios, y seguido sólo de veinticinco personas que quisieron acompa­ñarlo, se embarcó en el Magdalena en Guataquí, como habían hecho casi dos años antes Gonzalo Jiménez de Quesada, Belalcázar y Fredemán.  Llegado á Santa Marta sin contratiempo, y sabiendo que de España venía nuevo Gobernador, se retiró á su casa de Santo Domingo á gozar de las comodidades que le proporcionaba su fortuna. Aumentáronse así los vecinos de las tres ciudades, y, lo que es más, comenzáronse á sembrar las semillas de Europa. El Capitán Jerónimo de Aguayo cogió la primera cosecha de trigo en Tunja, que después se propagó rápidamente, y la primera mujer que hizo pan fué Elvira Gutiérrez, mujer del Capitán Juan de Montalvo.

Creyó Quesada que podía ya disponer de fuerzas suficientes para emprender la jornada de Manoa, ó del Dorado, cosa que traía tan trastornadas las cabezas de todos aquellos conquistadores, que no fué bastante el mal éxito que ella tuvo, para que dejaran de perecer miserablemente centenares de hombres y de consumirse grandes caudales en equipar posteriormente otras expediciones que fallaron todas, como era preciso que sucediese, cuando no tenían más fundamento que una absurda leyenda, y cuando su dirección era por llanos ardientes ó por selvas espe­sas y malsanas.

Mas al mes de disponerse á marchar, quiso dejar asegurada la paz de las colonias, á los que quitaba la mayor parte de sus defensores, y con este fin determinó hacer una sangrienta ejecución que colmara de terror y espanto á los indígenas de la jurisdicción de Tunja, entre quienes no se descubría, sin embargo, síntoma alguno de sublevación. Tenía resuelto sacrificar al desventurado Aquiminzaque, ó Quemichua, sobrino y sucesor de Queminchatocha, muy querido de los indios por su gracia y afabilidad, pero que, desde que sucedió á su tío, no había manifestado disposición hostil contra los españoles. Fingióse, pues, un plan de conspiración, tomáronse declaraciones á varios indígenas, y se hizo un simulacro de proceso para perder al joven Zaque, á quien no podían atribuír el haber ocultado los tesoros de su predecesor, como á Sagipa, y así le acusaron de pretender levantar los pueblos para matar á los españoles, valiéndose de una reunión ó fiesta que se celebraba el día de su casamiento. Hernán Pérez de Quesada se trasladó á Tunja, y allí hizo degollar bárbaramente al inocente y malaventurado Zaque, á los caciques de Samacá, Turmequé, Boyacá y á muchos de sus más distinguidos vasallos, no sólo en Tunja, sino en otros pueblos. Los indios sacrificados eran todos aquellos que por su mayor cultura habrían podido explicar las tradiciones de los Chibchas, que de esta ma­nera todo contribuía á sepultar en el olvido. Desaprobaron la mayor parte de los vecinos de Tunja y Bogotá hecho tan cruel y sanguinario, y cuando algunos años después Hernán Pérez de Quesada pereció herido de un rayo, algunos vieron la mano de la Providencia que castigaba las frías atrocidades de este mal español. ⁽⁹⁾. 

 Reunidos doscientos hombres y algunos caballos, auxiliado y guiado por los consejos y experiencia del Capitán Montalvo de Lugo, que hacía poco había llegado de Venezuela siguiendo las huellas de Fredemán con un corto número de soldados, se encaminó Quesada por la provincia de Tunja á tierras de los laches; de allí bajó á los Llanos y volvió al sur desandando lo que había caminado sobre la cordillera ⁽¹⁰⁾, y siguió la misma ruta de Espira, con los mismos trabajos, hambres y necesidades.  

Esguazado el río Papamene, se desvió hacia la serranía, mas no pudiendo caminar los caballos por lo escarpado de los peñascos, fatigados los soldados de construir puentes en los torrentes, volvieron otra vez á lo llano, hasta llegar á las selvas de Moca y de los Canelos, alimentándose con los caballos, y reducidos por último á matar la triste acémila del capellán Padre Requejada, para dar alguna sustancia á  los enfermos. Esta acémila no era otra que el asno Marubare, rescatado de entre los riscos de la Sierra Nevada de Santa Marta, y que debía dejar sus huesos en las apartadas regiones que riegan los afluentes del Amazonas!

Llegó por fin Quesada á Sibondoy, y allí supo que cruzando la cordillera llegaría á Pasto; Falto ya de fuerzas y de esperanzas, se determinó á abandonar la empresa, y á pasar á Pasto y de allí á Popayán y Santa Fe, con menos de cien hombres, despues de un año de la más extravagante y trabajosa peregrinación.

No habían faltado entre tanto graves atenciones al Capitán Gonzalo Suárez Rondón, que quedó, como llevamos dicho, encargado del gobierno de aquellas colonias, durante la ausencia de Quesada. Exasperados los naturales con los vejámenes de los encomenderos, cuyas exigencias eran cada día más intolerables, y no teniendo desiertos ni bosques lejanos á donde huir para escapar de la rapacidad de sus opresores, se fortificaron unos en las lagunas, otros en los peñascos, llevando consigo sus familias y resueltos á defenderse hasta morir.

El cacique Tundama con sus súbditos se hizo fuerte en una isla de la laguna de Bonza, que entonces tenía más extensión y profundidad que hoy, en que ha quedado reducida á un pantano. La isla comunicaba por una faja de tierra angosta con la tierra firme. En esta hizo el Tundama una cortadura y foso, peinando las barrancas para impedir el acceso á los de á caballo que era de los más temibles á los indígenas, y dispuso al rededor agudas estacas en las aguas. El Capitán Baltasar Maldonadó fué el encargado de sujetar al altivo é indómito cacique, como que el pueblo de Duitama le había cabido en encomienda. No le valieron los halagos y persuasiones de que hizo uso, y á todas las razones contestaba el Tundama que prefería morir ahogado en sus lagunas antes que ver á sus súbditos mutilados por los perros y condenados á los más crueles tormentos, cuando no satisfacían la codicia insaciable de los encomenderos. Empeñóse pues el combate y el primer día fueron rechazados los españoles; mas el mismo indígena que algunos años antes había denunciado á su cacique, y que se hallaba entonces en el campo español, aseguró al Capitán Maldonado que el foso ó cortadura no era bastante profundo para impedirle el paso; pues los duitamas no habían tenido tiempo para ahondarla, y así era la verdad, pues al día siguiente, empeñado de nuevo el combate, y pasada la primera furia de los indios, algunos españoles se lanzaron á pie y otros á caballo, y lograron tomar tierra en la isla. La mayor parte de los indígenas murieron, ó á manos de los castellanos, ó ahogados en la laguna, adonde se arrojaban sin saber nadar, cosa que generalmente ignoraban los habitantes de las tierras frías. Salvóse Tundama, y, sin desalentarse ⁽¹¹⁾, recorrió los pueblos vecinos, pidiendo auxilio. 

 Mantúvose en armas dando frecuentes asaltos á los españoles, hasta que, viendo ya muy reducido, el número de sus compañeros, resolvió en mala hora presentarse al Capitán Maldonado a ofrecer el acostumbrado tributo, que al principio traía muy abundante, y escaseando después el oro, disminuía naturalmente la cantidad, por lo qne, reconvenido por el encomendero y contestando con entereza, recibió un golpe en la cabeza con el martillo con que el Capitán Maldonado machacaba el oro para pesarlo, de que murió ignominiosamente este caudillo, que entre todos los chibchas mostró siempre más valor y más horror á la servidumbre. A su sobrino y sucesor, que posteriormente recibió el bautismo de mano del obispo D. Fray Juan de los Barrios, le cupo un fin no menos trágico. Apremiado con tormentos por el cruel y homicida oidor Mesa, á fin de que le contribuyera con crecidas cantidades de oro, y hallándole incontrastable, lo hizo pasear desnudo y maniatado como un malhechor por las calles de Duitama. No sobrevivió el sensible cacique á esta afrenta: vuelto á la prisión, se suicidó ahorcándose de una de las vigas de la cárcel. Sujetos de los rebeldes, todos los jefes de la nación Chibcha perecieron así, de una manera violenta.

Los indígenas de Tausa, Suta y Cucunubá se confederaron, y con el mayor secreto trasladaron sus familias y mantenimientos, y se fortificaron en el peñón de Tausa, acopiando una gran cantidad de piedras en el único sendero escarpado por donde podía subirse á aquella fortaleza natural. Luego que en Santa Fe se supo este alzamiento, salieron cien hombres á sujetarlos. Los enormes cantos de piedra que los indios lanzaban de aquella altura, lastimaron algunos españoles y mataron uno, pero los otros subían de dos en dos, apoyados en los fuertes escudos, y de este modo lograron coronar la estrecha explanada en lo alto del peñón, circuído por todas partes de peñas tajadas de centenares de varas de altura. Aquí se siguió una escena de sangre y de desolación imposible de describir: los que no morían á los filos de la cuchilla española, se precipitaban de tamaña altura; hombres, mujeres y niños se hacían pedazos al caer por entre aquellas rocas; Algunos se rindieron, y, amonestados, volvieron á sus pueblos á doblar la cerviz para pagar el duro tributo á sus amos. Por muchos días no se veía otra cosa en estos lugares de desolación, que bandadas de aves de rapiña que se cebaban en los cadáveres de aquellas inocentes criaturas.

Los simijacas se habían acogido también á otro peñón todavía más fuerte, ceñido por toda la base de bosque espeso, que hoy ha desaparecido completamente, y al cual daba acceso solamente una estrecha y áspera senda. En el primer ataqué fueron  rechazados los castellanos, pero los indios incautos gastaron después, sus armas y municiones para repeler las acometidas simuladas que con este fin les hacían sus enemigos; así que, cuando subieron de veras al asalto, no pudieron resistir las armas de los castellanos, y en lo alto de aquél peñasco se repitió la catástrofe del peñón de Tausa. ⁽¹²⁾