En 1676 fué promovido al Obispado de Panamá, pero antes de emprender el viaje de Santa Marta, sorprendieron la ciudad los piratas Cos y Duncan, saquearon las casas y los templos, y prendieron al Obispo, en cuya pobreza no querían creer aquellos malvados, y viendo la desnudez de su casa y persona, le maltrataron inicuamente dándole tormento á fin de que confesara en dónde tenía escondidas sus alhajas. Una sola poseía, que era su anillo pastoral con un rubí que había depositado en cierto lugar secreto de la iglesia; así lo declaró, y de esta joya fué despojado y arrastrado á los buques cargado de prisiones como un malhechor, por no haber podido dar la suma que le pedían por su rescate. Conducido á la presencia de Morgan en la isla de Providencia, este pirata, más generoso que sus compañeros, le puso en libertad, y sabiendo que estaba nombrado Obispo de Panamá, le restituyó un pontifical que había robado años antes en Panamá, y lo hizo llevar á la Costa firme. Apenas encargado de sus nuevas obligaciones, entró á desempeñarlas cada día con más fervor, á pesar de su edad. Trabajó en la reducción de los indios del Darién del Sur, empleando sus rentas en hacerles presentes para atraerlos, y gastando más de ocho mil pesos en ello. Había crecido tanto su celo apostólico, que no se contentaba con predicar en las iglesias, sino que los domingos lo hacia en las calles y en las plazas de Panamá. Así pasó los últimos años de su vida; los días enseñando y predicando, las noches en oración y penitencia.

Falleció en Panamá en 1688 de más de setenta anos de edad, justamente cuando se estaba acabando de dar á la estampa su historia de que vamos ahora á ocuparnos, la cual, por tanto, no tuvo la satisfacción de ver impresa. No creernos que puedan citarse muchos hijos de Bogotá cuya vida fuera tan útil y meritoria, y cuya muerte haya sido tan envidiable. Está sepultado en el Colegio de los Jesuitas dé Panamá, y sobre su tumba se colocó como lápida una hermosa plancha de bronce ⁽¹⁰⁾. 

Los materiales de que se sirvió Piedrahita para componer su historia fueron, dice, exclusivamente el Compendio historial de Gonzalo Jiménez de Quesada y la cuarta parte de las Elegías de Juan de Castellanos, una y otra obras perdidas hoy. Es singular que el venerable Obispo de Santa Marta no hubiera leído las otras tres partes de las obras de Castellanos, ó por lo menos la segunda y la tercera, que tratan de sucesos pasados en las provincias de que más deficiente de conocimientos se manifiesta, pero sobre todo es muy sensible que la idea de escribir no le hubiera ocurrido en Santa Fe, porque es verosímil que allí hubiera hallado, cuando no mayor número de documentos, los mismos de que el Padre Zamora se sirvió muchos años después en la Cónica de su orden que compuso materiales mucho más completos que los que halló Piedrahita en Madrid, cuando impulsado del deseo de hacer conocer su patria, tomó la pluma para escribir su historia. El estilo de Piedrahita es castizo y claro, y los acontecimientos dispuestos en orden cronológico y muy fáciles de retener y consultar, pero su relación es incompleta, y careció sobre todo de suficiente número de testimonios para poderlos comparar y quedar más satisfecho de la verdad de los hechos que refiere. La manía de escribir largos preámbulos, la erudición inconexa con su objeto, aumentó considerablemente el volumen de su libro, y ciertas preocupaciones vulgares en su siglo, de que no podía dispensarse de hacer alarde un calificador del Santo Oficio dé la Inquisición, cuyos escritos debían revestir el carácter de la época para atravesar incólumes el harnero de tantas censuras, son los lunares que se descubren á la primera lectura de la obra que popularizó en España el conocimiento de nuestro país. 

Manejándola más, se advierten en ella pasajes copiados casi literalmente de las noticias del P. E. Pedro Simón, á quien sin embargo no cita, y al cual, si es superior por el estilo más elegante, y más hermosas descripciones, es inferior en la copia de hechos y en la plenitud de informes que quizás no creyó ser necesario averiguar, porque su objeto era dar á conocer en grande estos países. “Reconocidas, dice, cuantas historias se han escrito de Indias, y viendo en ellas tratadas tan de paso las conquistas del Nuevo Reino de Granada, siendo el tercero en grandeza y majestad de todos los que hay en esta dilatada monarquía, extrañé muchas veces que á tan glorioso asunto hubiese faltado aplauso especial de alguna pluma curiosa”  Cincuenta años antes había escrito F. P. Simón en Santa Fe “por satisfacer loé deseos de los curiosos, en especial los que han nacido y habitan estas tierras, qué no hallan camino para saber las cosas de sus antepasados de quien ellos descienden. Así el cronista español escribió para los americanos, mientras que el docto historiador americano escribió para  España. Uno y otro llenaron su objeto en cuanto el estado de su siglo lo permitió, más las obras del paciente y laborioso cronista franciscano no se han publicado todas, aunque no creemos que esté distante el día en que alguna sociedad de literatos y amigos del país haga los fondos para la impresión. El Obispo Piedrahita es el tercer historiador de las cosas del Nuevo Mundo, en cuyas venas corría sangre indígena. El capitán J. Muñoz Collantes, uno de los conquistadores del Nuevo Reino de Granada, residió también en el Perú y en D.a Francisca Coya, de la sangre de los Incas, tuvo una hija, D. a Mencía de Collantes, que casó con el capitán D. Alonso de Soto, los que fueron bisabuelos de nuestro historiador. Todos saben que el célebre cronista peruano Gracilazo de la Vega fué hijo del ilustre capitán español Gracilazo de la Vega y de Isabel Palla, nieta de Tupac Yupanqui, uno de los últimos incas, y po­cos ignoran que Fernando de Alva Yxtlilxochilt, que escribió la historia Chichimeca, era descendiente de los soberanos de Texçuco en México.

El Padre Fray Alonso de Zamora nació en Bogotá hacia la mitad del siglo XVII, recibió el hábito de religioso en el convento de Predicadores, en donde hizo sus estudios con lucimiento, siendo después empleado por sus prelados como misionero. De vuelta á Bogotá fué conocido como predicador distinguido, hábil teólogo y literato, mereciendo ser nombrado examinador sinodal del Arzobispado. Sus estudios y la inclinación que manifestó por colectar documentos relativos á la historia antigua, lo designaron naturalmente á su prelado, el ministro general Fray Antonio Cloche, para el destino de cronista de la orden, y, en consecuencia, recibió este título y el mandato para escribir la historia general de la provincia de San Antonio del Nuevo Reino de Granada, orden que lo rodeó de graves dificultades, porque su prelado lo puso, como dice él mismo refiriéndose al profeta Ezequiel, en medio de un campo lleno de huesos muy antiguos, á fin de que los resucitase: Et dimisit me in medio campi, qui erat plenus: erant autem multa valde, ciccaquer vehementer. Y añade que, no permitiendo vaticinios ni adivinaciones las historias humanas, reconoció que sólo la verdad había de vivificar aquellos huesos, sacando del sepulcro del olvido las acciones de los religiosos de su orden, sus peregrinaciones y trabajos en la predicación del Evangelio.

A principios de 1696 terminó su obra, que se imprimió en Barcelona en 1701. Para ella consultó:

1°. Todos los libros y papeles antiguos del convento grande de Santa Fe de Bogotá y los que se le remitieron de Cartagena y Tunja.

2°.  Los memoriales de servicios presentados por los religiosos, que estaban archivados en el Juzgado arzobispal, y en los Cabildos eclesiástico y secular y las provisiones de la real Audiencia en su favor, las cédulas reales, bulas apostólicas, patentes de los prelados, actas de sus capítulos generales y provinciales.

3°.  Las historias de Indias, especialmente las Décadas de Herrera, el manuscrito del Licenciado Alonso Garzón de Tauxte, cura rector de la Catedral de Bogotá por muchos años desde 1585.

4°.  El Compendio historial del Adelantado Quesada firmado de su nombre.

5°.  Los nobiliarios de Ocáriz, los tres tomos del P. F. P. Simón y últimamente la historia del obispo Piedrahita, la cual crítica más de una vez, sobre todo cuando el obispo juzga las acciones no muy ajustadas de algunos religiosos. 

El Padre Zamora tiene todavía mayor dosis de credulidad y menor de buena crítica que sus predecesores de que hemos hablado, y respecto de los individuos de su orden es un panegirista más bien que un historiador, el cual debe colocar las luces y las sombras inseparables de la naturaleza humana, lo que da mayor realce y más utilidad á la historia. La del cronista dominicano contiene sin embargo datos, hechos y circunstancias interesantes que no se hallan en otra parte, y que ayudan á formar el juicio del historiador.

La Historia del Nuevo Reino Granada del jesuita Cassani da mucha luz sobre las misiones, pero se refiere á una época más moderna, porque los jesuitas no entraron hasta el año de 1598 en el Nuevo Reino de Granada, y por tanto no nos toca juzgarla en esta parte de nuestro trabajo. Este libro se imprimió en Madrid en 1741. Hablaremos en su lugar del autor y de la obra, junto con las de los padres Gumilla y Julián, que se publicaron también en España en la segunda mitad del siglo