Viendo cimentada la paz, una de las primeras disposiciones fue reducir el Ejército permanente del Estado a diez ocho Gendarmes. Estos formaban el cuerpo de Policía de la capital, y para las demás poblaciones hizo que en cada ana de ellas hubiera de uno a cinco Agentes, según la importancia, del poblado, y todos ellos fueren escogidos entre hombres  de alguna posición, robustos, valerosos, de excelente conducta, se les pagaba puntual y no mezquinamente. Por eso en tiempo de aquel mandatario nunca se presentó en Antioquia un caso de resistencia, de irrespeto a la autoridad, ni aun en los días de fiestas populares.

     En 1865 se verificaron las elecciones para Presidente del Estado, y casi todos los antioquenos votaron por el arrendatario provisional. La posesionó el 7 de agosto de ese año para ejercer por un período de cuatro.

     En el año de 1867, siendo ya Presidente de la República el General Tomás Cipriano de Mosquera, este voluntarioso cundo lo disolvió el Congreso el 29 de abril. Al tenerse noticia en Medellín de este golpe de Estado, el doctor Berrío guardó absoluta reserva mientras que consultaba el publico con Gutiérrez González, que era su consejero da mayor confianza, para lo cual salió de Medellín a media noche, acompañado por don Rodolfo González, para Sonsón, y después de conferenciar en Capiro, regresó inmediatamente a dictar las disposiciones por las cuales puso en pocos días, casi podría decirse en horas siete mil hombres sobre las armas, con el asentimiento y auxilio de todos los partidos, los hizo mover sobre Bogotá para derrocar al dictador, y lanzó la proclama, y el decreto de 10 mayo, en los cuales desconozco al Gobierno nacido del golpe de 29 de abril, declara a Antioquia en estado de guerra y  manda levantar el Ejército.

     Al propio tiempo despachó comisionados a la Costa Atlántica ante el General Reudesindo López, Jefe de las fuerzas nacionales acantonadas allí, quien apoyaba la dictadura de Mosquera. Uno de los comisionados fue don Juan de S. Martínez, y se obtuvo tan buen resultado, que el General López se decidió por la defensa de las instituciones violadas por la Jefe. También despachó comisionados a lodos los Estados a fomentar el levantamiento contra la dictadura.

     Las avanzadas de las fuerzas de Antioquia venían marchando ya por territorio del Estado del Tolima, cuando-quizá por esa, para los políticos dominantes en Bogotá aterradora amenaza-amarraron aquí al General Mosquera el 23 de mayo sus subalternos y amigos del día anterior.

    Entonces, en silencio, con toda modestia, con la conciencia del deber cumplido, el doctor Barrio disolvió las fuerzas y de dedicó a hacer el bien de un  gobernados y a dar ejemplo de espirita progresista, desafortunadamente no aprovechado por muchos años en ningún Estado,

     Va resultando demasiado larga esta pesada y desgreñada la conferencia, y para dejar descansar a los bondadosos oyentes, a quienes agradezco en el alma la atención. que me han prestido, hablaré de ligero de la labor administrativa del doctor Barrio en el Gobierno, y daré al ganáis noticias de sus últimos año.

    Al encargarse de la Presidencia de la República en 1868, el General Santos Gutiérrez, nombró al doctor Berrío Secretario del Tesoro y Crédito Nacional, pero se escaso de aceptar y cuando el 29 de octubre de ese año el mismo Presidente Gutiérrez derrocó y redujo a prisión al Presidente constitucional de Cundinamarca, don Ignacio Gutiérrez Vergara el doctor Berrío protestó con energía contra ese criminal e injustificable hecho.

    Cuando apenas empezaba el Gobierno Nacional a establecer el servicio telegráfico, y ningún Estado había dado paso en ese sentido, Antioquia tendió por su propia cuenta línea entre Medellín y Manizales, en 1887, y siguió extendiéndola a las poblaciones más importantes de su territorio.

    Cumplido el primer período presidencial, el doctor Berrío fue reelegido popularmente, por inmensa mayoría, el 10 de octubre de 1869; y como la situación del país era delicada y el pueblo tenía ciega confianza en su gobernante, la opinión pública lo obligó a continuar rigiendo los destinos del Estado. Los principales liberales de Medellín hicieron una manifestación por escrito para que fuera reelegido.

    La Sede de la antigua Diócesis de Antioquia se había trasladado hacía pocos años a Medellín: de río, y por influencias del doctor Berrío ante el Padre Santo consiguió que ella se dividiera en dos y se formarían la de Medellín y la de Antioquia, y que para esta ultima se preconizara Obispo en 1872 al antiguo compañero y amigo del mandatario, doctor Joaquín Guillermo González.

     Es inmortal Pío IX, en Breve Motu propio de 20 de marzo de 1873, lo llama Amado hijo Pedro J. Berrío, Fuclito Jefe y Presidente de Antioquia.

     En 1871 hizo que el ingeniero señor Griffin estudiaba la vía para, comunicar por medio da rieles a Medellín con el Magdalena y con el resto del país. De esos estadios resulto que la mejor, por entonces, era hospital; al lugar que en honor del iniciador se bautizó más tarde con el nombre de Puerto Berrío. Trazada la vía, como la misión del Tesoro no permitía  por el momento emprender en  un ferrocarril, se procedió a construir una carretera, la cual adelantó bastante, y esa fue la base del mutual ferrocarril de Antioquia. No descuidó sino qua atendió con esmero a la mejora de todos los caminos existentes.

     Para la Casa de Moneda introdujo maquinaria moderna y la puso a funcionar. Para el servicio de ella y de las demás industrias del Estado estableció una fábrica de ácido sulfúrico, la cual abandonaron posteriormente, pero es cuantiosos productos estuvieron abasteciendo durante mucho tiempo al país. En esta labor le ayudaron eficazmente el doctor Fabricio Uribe, don Juan Lalinde y don Pascual Gutiérrez de Lara.

     El Hospital de San Juan de Dios, de Medellín, cual puede decirse que fue establecido, por el doctor Berrío, pues reedificó su edificio, lo organizó y dotó de todos los elementos necesarios, con la colaboración de los doctores Manuel V. de la Rocha, Manuel Uribe Angel, Ramón Martínez Benítez; don José María Díaz, don Mariano Uribe, Don Marco A. Santamaría, don José María Jaramillo Zapata, don Pedro Juan Parra y otros caritativos ciudadanos.

     Estableció una sanción eficacísima sobre vagos, ebrios, jugadores concubinarios y mujeres de mala vida, en términos que todas las poblaciones del Estado se moralizaron y morigeraron extraordinariamente; hasta parientes muy cercanos de él y personas de alta posición sufrieron penas severas como jugadores. Todo el que se hacía dueño de la debida sanción por trasgresión de las disposiciones de policía, si no se corregía huía del Estado; muchos de ellos emigraron a las vírgenes selvas del Quindío, donde no pocos, por no encontrar teatro propicio que aumentara sus malas inclinaciones, se dedicaron al trabajo, y con los años vinieron a ser ricos propietarios y cabezas de honorables y numerosas familias.