Incluidas en el manuscrito de la 2ª parte ^{| 7} están las copias de las dos licencias concedidas a Aguado para imprimir y vender su obra. Por contener como última firma las palabras "Yo, el Rey", sin nombrar al secretario ni a los consejeros que señalaban las cédulas, no resalta con bastante claridad el hecho de que la del 3 de septiembre de 1581 fue dada para imprimir y vender el libro en "nuestras Indias", es decir, en América; mientras que la segunda, la del 6 de junio de 1582, se refiere a la impresión y venta del libro en "estos nuestros Reinos", es decir, en España y Portugal. Como no fue observado el carácter diferente de ambas cédulas, sostienen algunos historiadores gratuitamente que la primera cédula adolecía de defectos que ha hicieron inválida, por lo cual Aguado tuvo que conseguir una nueva licencia. Está claro que si la primera  no hubiese sido válida, Aguado no la hubiera copiado en su manuscrito. Además, a base de esta primera licencia, precisamente, le fue concedido a Aguado, unos pocos meses después, el permiso de volver al Nuevo Reino. Se trataba de una práctica que se utilizaba generalmente en estos casos: las diligencias para la consecución de la  para vender e imprimir libros en España se hacían ante el Consejo de Castilla y, para las Indias, en el Consejo de Indias; condición que se desprende también del texto de las dos licencias.

El Archivo General de Indias conserva algunos documentos que dan detalles sobre el procedimiento seguido por Aguado para obtener la licencia para la impresión y venta de su obra en América.

Ya en 1575, al saber la violenta destitución de fray Esteban de Asensio, substituto que dejó al ausentarse para España, incluyó Aguado en su petición, implorando remedio a tal situación, junto con la información de servicios, la "Tabla" (índice) "de un libro que en él -es decir, en el Nuevo Reino-, yo, ocioso, he hecho, conque entiendo Vuestra Alteza ha sido servido, que todo pido a Vuestra Alteza mande se vea, que visto y entendido mi celo y voluntad, con lo que Vuestra Alteza me mandare, recibiré merced" ^{| 8} . No se trataba, pues, de pedir  licencia para imprimir su libro: la "Tabla", junto con la probanza de servicios, debía servir para afianzar su posición frente a lo que pasaba en el Nuevo Reino. No hay, pues, razón alguna de creer que tal  le fuera negada y que esta fue la causa por la cual Aguado trabajó los años sucesivos en una nueva versión de su obra para presentarla al Consejo. Al contrario; nuestro fraile sigue obstinadamente sus esfuerzos -aunque vanos- para retornar al Nuevo Reino lo más pronto posible, y no indica nada que pudiera dar a entender solicitaba   para la impresión de su obra ^{| 9.}

De esta impresión habla por primera vez una petición hecha por Aguado al Consejo de Indias en el mes de febrero de 1580 ^{| 10} , de la cual quedó constancia, y de ella se desprende que el manuscrito de la obra estaba en manos del cronista y cosmógrafo Juan López de Velasco.

Esta constancia reza:

Fray Pedro Aguado de la orden de san Francisco pide se le mande al cronista Juan López de Velasco que dé luégo su parecer, como le está mandado, cerca de los libros 1ª y 2ª parte que ha escrito sobre el descubrimiento del Nuevo Reino de Granada, atento que ha muchos días que los tiene en su poder y de la dilación recibe daño.

La decisión del Consejo dice: "Dé su parecer Velasco".

No sabemos cuándo comenzó Aguado su diligencia para la consecución de tal licencia; lo que se desprende de esta petición es únicamente que tal diligencia ya estaba comenzada y que en 1579 el manuscrito lo tenía Juan López de Velasco para su examen.

No pudimos encontrar la resolución misma del Consejo en que se pide a Velasco entregue los manuscritos a su autor "para que se puedan publicar y se gratifique su trabajo" ^{| 11} . Lo dice un fidedigno historiador, aunque sin indicar la fuente de este dato, por lo cual lo consignamos aquí. Sin embargo, parece inverosímil que se quisiera gratificar realmente a Aguado por su trabajo, pues otros documentos demuestran que ya por entonces Aguado no gozaba de favor alguno ni en el Consejo ni ante su General franciscano.

Unos meses después, el 5 de junio de aquel año de 1580 ^{| 12} , encontramos la constancia de una nueva petición, donde se declara:

Fray Pedro Aguado de la orden de San Francisco dice que los libros de la 1ª y 2ª parte que escribió sobre el descubrimiento del Nuevo Reino de Granada, los tiene vistos Gessio, a quien se cometió que los viese, y suplica se le mande que dé su parecer en ellos, y a él se le dé  para que los pueda imprimir.

La resolución del Consejo dice: "Dé su parecer".
Se ve, pues, que de López de Velasco el manuscrito pasó a Juan Bautista Gessio, otro cosmógrafo en la Corte del Rey.

Pero, para conseguir la  de su impresión no bastaban en aquellos tiempos los pareceres de los dos cronistas cosmógrafos; y, así, el 15 de enero del año siguiente ^{| 13} hay otra petición de nuestro fraile, que reza:

Fray Pedro Aguado dice que se proveyó que el licenciado Hinojosa viese los pareceres que Juan López de Velasco y Juan Bautista de Gessio dieron sobre los dos libros del descubrimiento del Nuevo Reino de Granada, y así los ha visto. Suplica se le dé  para imprimirlos...

Resolución del Consejo: "Llévese al señor do Hinojosa" ^{| 13a.}

Esta licencia es la acordada el 3 de septiembre de aquel año de 1581, publicada juntamente con la segunda parte en la Historia. Su copia se encuentra en el cedulario correspondiente ^{| 14} y el texto corresponde al que se publicó. La cédula está refrendada por Antonio de Erazo, secretario, y señalada de los señores del Consejo de Indias.

En posesión del permiso de impresión pide fray Pedro Aguado el 10 de enero del año siguiente ^{| 15} licencia para viajar al Nuevo Reino. Declara que "a él se le ha dado permiso para imprimir un libro en las Indias, titulado |la Historia del Nuevo Reino de Granada y de su pacificación, población y descubrimiento, y por ser la primera vez que se imprime, tiene necesidad de hallarse presente. Suplica se le dé   para pasar a aquella tierra para el dicho efecto; demás del bien que ha de resultar de lo que se ha de emplear en la doctrina de los naturales de aquella tierra..."

Resolución del Consejo: "Como tenga  de su prelado". De acuerdo con esta resolución se le concede la licencia  solicitada para volver al Nuevo Reino, de la cual quedó constancia en los siguientes términos ^{| 16} :

El dicho día, mes y año y en el mismo lugar -Lisboa, 5 de febrero de 1582- se despachó cédula de su Magestad en que se mandó al presidente y oficiales de Sevilla que dejen volver al Nuevo Reino de Granada a Fray Pedro de Aguado, de la Orden de San Francisco, que vuelve a aquella tierra a hallarse presente a la impresión de un libro que ha compuesto; teniendo  de su prelado.

Ambos documentos son muy significativos, pues presentan como motivo principal del permiso otorgado para regresar a América el deseo del autor de vigilar la impresión de su libro. Pero ¿hubo ya por entonces imprenta en Santafé? Según la más generalizada opinión, tal imprenta sólo fue introducida por los jesuitas en el siglo XVII ^{| 17} ; y, sin embargo, ya en 1582 pide Aguado el permiso no sólo para imprimir su libro en el Nuevo Reino, sino el de volver a su provincia para vigilar tal impresión; un dato nuevo sobre los orígenes de la imprenta en el Nuevo Reino de Granada que vale una investigación suplementaria.

Naturalmente no sabemos hasta qué punto la declaración de tal motivo de viaje obedecía al deseo de obviar la general prohibición que regía por entonces de que frailes venidos de América volviesen a sus provincias, pero no es posible suponer que se trataba de un engaño, una evidente mentira al tratar con los censores del Consejo de Indias, ellos mismos cronistas, cuya ignorancia en este caso no es fácil de suponer. Las diligencias emprendidas demuestran constancia en la prosecución de sus fines: Aguado pide   para la impresión de su obra en América, por lo cual el asunto se ventila en el Consejo de Indias. El manuscrito pasa para su aprobación a los cosmógrafos Velasco, Gessio y al licenciado Hinojosa, consejero. El permiso de imprimir su obra en las Indias se le concede y se le da licencia para volver al Nuevo Reino a fin de vigilar la impresión de su obra en aquella tierra. El ciclo lógico parece concluído.

Con todo y lo anterior, Aguado sigue sus gestiones en el Consejo de Castilla, y obtiene el 6 de julio de 1582 el permiso para imprimir y vender su obra |en España, con las condiciones que se contenían en la "nueva pragmática" (es decir, la de 1558). Se exige que el manuscrito original sea rubricado por el secretario de Cámara del |Consejo de Castilla, Pedro Zapata del Mármol, y que el ejemplar impreso, antes de ser puesto a la venta, sea cotejado con el manuscrito rubricado, y su precio tasado por el mismo secretario.

¿Cuándo presentó Aguado su manuscrito al Consejo de Castilla para obtener la de imprimirlo en España? Pudiera ser que lo hiciera con la petición que presentó el 23 de noviembre de 1581, cuando juntamente con su General, fray Tomás de Viniegra, pide nuevamente  de impresión, ya que "había gastado más de dos mil ducados para ponerlos -los manuscritos- en el estado en que están" ^{| 17a} .   Está claro que esta  no fue dada por el Consejo de Indias (ni su texto se encuentra en el cedulario correspondiente), sino por el Consejo de Castilla. Nuestras investigaciones en el Archivo General de Simancas, donde reposan los papeles de este Consejo, ni la búsqueda en el Archivo Histórico Nacional de Madrid, produjeron datos conectados con fray Pedro Aguado y la   que se le otorgó para publicar su libro en España ^{| 18} .

¿Aprovechó la licencia en España? ¿Volvió a Santafé e hizo allá sus gestiones? ¿Por qué quedó su libro inédito? Todas incógnitas que quedan aún por despejar.

Hay en el manuscrito de Aguado enmiendas y tachaduras que obedecen indudablemente al deseo de aclarar y modernizar el texto o de corregir la ortografía. Aún se encuentran, a veces, enmiendas hechas a fin de reemplazar la letra procesal y los signos y contracciones utilizados por signos o letras de más fácil lectura. No nos atrevemos, como lo hace algún historiador, a declarar autoritariamente cuáles son las enmiendas y tachaduras antiguas y cuáles las recientes, pues ciertamente falta para ello -a nuestro entender- cualquier base científica. La ortografía popular de aquella época tendía a una transcripción fonética, que más dependía de la pronunciación o costumbre regional del amanuense que de verdaderas y universales reglas gramaticales. Estas, aunque impresas, no se habían divulgado por todo el ámbito castellano. Lo mismo ocurría con la escritura. Al lado de una letra fácil, cuidadosa y nítida, se encuentran formas arcaicas, salpicadas de contracciones y abreviaturas. No podemos, pues, utilizar las enmiendas que se encuentran en el manuscrito de Aguado como una prueba de la intervención de los censores, aunque no excluímos tal posibilidad ^{| 19} .

Existen, sin embargo, numerosos cambios que sí corresponden a la tendencia que hemos tratado de esbozar con documentos y hechos estudiados y que obedecen a la censura.

Así, encontramos la supresión de los dos primeros capítulos del primer libro, con una extensión total de 14 páginas, donde se trata del origen de los indios y descubrimiento de América, que, tal vez, se ceñían a las ideas tradicionales; pero, posiblemente, también contuvieran elementos nuevos e interesantes ^{| 20} .

No conociendo el texto de estos capítulos es difícil explicar a cuál causa se debió la supresión de ambos. Probablemente contenían informes sobre la geografía americana cuya divulgación no convenía a la política española, o tal vez el autor emitió opiniones en torno al descubrimiento, que no cuajaban dentro de la tendencia oficial; es hasta posible que algo se dijera sobre las noticias que pudo haber recogido Colón en Portugal, y su publicación tampoco resultase conveniente cuando mediaba un diferendo de límites con Portugal.

En el manuscrito observamos que todas las palabras como "conquistar", "conquista", "guerra", etc., están enmendadas o tachadas y reemplazadas por "poblar", "pacificar", "guazabara", "jornada", etc. ^{| 21} , lo cual constituye otra intervención censorial que aplicó a la obra de Aguado el famoso precepto de Felipe II (Ordenanzas sobre las nuevas poblaciones del año 1573. Leyes de Indias, Ley 6, título I, libro 4º) que prohibió emplear  tales palabras en conexión con problemas americanos. Al leer la versión enmendada -así como aparece en las ediciones impresas- se produce muchas veces el curioso hecho de que expediciones emprendidas a territorios jamás visitados por españoles, o habitados por tribus de reconocida sumisión, se hicieron con el objeto de "pacificar" a sus pobladores, y no para conquistarlos o hacerles guerra.

Otra intervención de la censura consiste en la supresión del título de "don" al mencionar a Jiménez de Quesada ^{| 22} , un título que se encuentra en el manuscrito y cuya eliminación se hace de acuerdo con el estatuto legal, ya que Jiménez de Quesada nunca tuvo ese título ni tenía derecho a él. El título de "don" se obtenía por herencia o por merced del Rey. Pero en América todos cuantos se consideraban "hijos de algo" empleaban el "don". Y ¿quién no se consideraba como tal en América?

El empleo de "don", anteponiéndolo al nombre de Jiménez de Quesada, demuestra que el manuscrito fue confeccionado en América, lo mismo que la "tabla" de Sevilla, como lo hemos mencionado. Jiménez de Quesada nunca recibió el "don", aunque fue mariscal, adelantado y regidor más antiguo de Santafé. La corrección hecha por la censura ponía en su lugar un abuso que se cometía en América.