Después de recibida la Cédula Real, el sobredicho arzobispo Don Fray Joan de los Barrios, por la cual el Rey le nombró arzobispo de el Nuevo Reino, estuvo algunos años sin recibir las bulas, palio, autoridad y jurisdicción arzobispal, lo cual él mucho deseaba ser y gozar. Y aunque las bulas para ello estuvieron concedidas y despechadas por el papa Pío quinto, no llegaron a tiempo para que usase dellas, porque lo llevó Dios de esta vida antes que llegasen, que venían su camino y las traía el Dean de su iglesia arzobispal, Don Francisco Adame, muy apasionado y amigo suyo, el cual llegó con ellas, poco después de su muerte. Murió repentinamente en su casa de la enfermedad de asma, de la cual era muy trabajado, año de se sesenta y nueve, en mes de Febrero, y aunque esta muerte fue muy inopinada, siempre él andaba prevenido y aparejado para morir, por cuanto él era muy buen cristiano y temeroso de Dios y acostumbraba confesarse muy a menudo; y como muchas veces hubiese comunicado su conciencia con Fray Esteban de Asensio, a quien solía tomar por acompañado en negocios secretos de Inquisición, pocos días antes que muriese se confesó con él con mucho acuerdo, y ansi lo llamó Dios en buen estado, en la ciudad de Santa Fe, y fue sepultado en su iglesia arzobispal.