Sólo ocho años habían pasado de la batalla de Boyacá con la que se sellaba la independencia del virreinato de la Nueva Granada, cuando el 6 de agosto de 1827 nació en Bogotá José Manuel Marroquín. El ambiente que se vive en su casa está lleno de costumbres peninsulares. Las habitaciones huelen a tradiciones rancias, a ese dejo que más se acerca a los valores de la Península que acaba de ser vencida por los criollos, que quieren hacerse a los cargos del nuevo gobierno.

José Manuel Marroquín no cuenta con una suerte benéfica que le traiga momentos de felicidad. Era hijo único y a muy temprana edad quedó huérfano. Detrás de las gruesas cortinas que cubrían las ventanas de su casa transcurría la vida. Él, sin embargo, tenía que permanecer en el lado sombrío, en el lado triste de las habitaciones donde se oía, de vez en cuando, el murmullo de tías y tíos refinados que lo llamaban a sentarse, con mucha compostura, a la hora de servir los alimentos.

El colegio se le convierte en un nuevo punto de mortificación. La disciplina exagerada lo tiene al punto del colapso. Decide huir y termina en el seminario de los jesuitas donde cursa humanidades por espacio de cinco años. Hace posteriormente estudios de jurisprudencia en el Colegio de San Bartolomé. Su carácter se torna cándido y confiado. Siempre creía en la buena fe de los demás, cosa que él mismo comienza a considerar inconveniente en un país como el que le corresponde vivir, muy sumido en la desconfianza por los permanentes conflictos bélicos. Habla con todo persona que le solicita la palabra. Se para en las esquinas a oír a los borrachos que lo interpelan, a la viudas que le piden socorro, a los jubilados sin nada que hacer, a esos que los demás le vuelven la espalda.

Decide casarse muy joven y viajar a uno de las haciendas que ha heredado y que recibe el nombre de Yerbabuena, en la Sabana de Bogotá. Para llegar al lugar es necesario salir en coche y después tomar una cabalgadura por el antiguo camino Real que se dirige hacia la ciudad de Tunja. Se toma la misma dirección de los cerros que se extienden hacia el norte, después de servir en su imponencia como tutelares de la ciudad de Bogotá. En medio de los meandros que deja el río Funza, en ese lugar frío de aguas perezosas que se detienen sobre terrenos bajos después de fuertes aguaceros, funda un colegio para dedicarse a la enseñanza. Siembra trigo y papa, al tiempo que cría caballos que sabe montar con destreza de buen jinete. A pesar de estar en este sitio con las armonías bucólicas que ha escogido, tiene la carga de la melancolía. Se comporta de modo nervioso y atribuye su actitud al haber sido criado como un niño mimado. Se siente un hombre desgraciado. Toma parte activa en proyectos que en apariencia resultan ser descabellados, particularmente en empresas literarias y filantrópicas.

El retirado lugar de su hacienda le sirve para que se dedique a la lectura y la escritura. Tiene, por su temperamento retraído, algunas dificultades que vencer, por lo que en sus Apuntes autobiográficos comenta: "Nada puedo emprender sin vencer primero gran repugnancia y desaliento y una especie de sueño que no es el que sirve para dormir". Gracias a ello se torna activo. Se ocupa de asuntos ajenos que le han valido la fama de servicial y caritativo y que le ocasionan muchos sin sabores que "sin alcanzar a ser desgraciada la vida, sí la enturbian y la hacen pesada".

El campo no lo cerca del todo. La relativa proximidad en la que se halla Bogotá con respecto a Yerbabuena, lo hace tomar uno de sus mejores caballos para estar presente en las fiestas sociales, tertulias del periódico El Mosaico y las reuniones de la Academia de la Lengua, de la cual le cabe el regocijo de haber sido uno de sus miembros fundadores.

Comienza a publicar poemas que lo catalogan en el costumbrismo, donde esparce la ironía, lo festivo y lo burlón. Quiere que sus textos sean entendidos por todos, por niños y ancianos. Uno de sus poemas más conocidos, "La perrilla", busca en el lenguaje sencillo amplitud de lectores. La broma que hace con sus personajes de verso, permite que durante muchas décadas, una generación tras otra de poesía, memoricen sus creaciones: "Perra de canes decana/ y entre perras protoperra/ pasaba en toda la tierra/ por ser perra antidiluviana;// flaco era el animalejo, el más flaco de los canes, de un cuasisemiexgosquejo;// sarnosa era... digo mal,/ no era una perra sarnosa, era una sarna perrosa/ en figura de animal".

Sus 60 años de vida tranquila, casi todos dedicados a escribir poesía y cuadros de novelas donde retomaba la picaresca de los autores clásicos de España, o de novelas como El Moro, donde describe las costumbres de la Sabana de Bogotá, donde vivía en permanente observación y regocijo, se ven de repente alterados por la política. El partido conservador, al cual él pertenece, se halla dividido. En 1898 es elegido vicepresidente de la República. Asume el poder cuando el octogenario presidente Manuel Antonio Sanclemente, por razones de salud, se ve en la necesidad de retirarse a la población de Villeta, a unos pocos kilómetros de Bogotá. Los liberales se lanzan a las armas. La guerra es violenta y azarosa. Al estar de jefe de Estado se le hace responsable de los horrores que suceden.

Los miembros del grupo literario la Gruta Simbólica están atentos a que asista a una de sus reuniones, cosa que le queda difícil de realizar por el conflicto. La guerra, aunque termina con el triunfo del gobierno, tiene una consecuencia fatal: la separación del departamento de Panamá que se constituye en república independiente con el apoyo del presidente Teodoro Roosevelt de los Estados Unidos. Muere en Bogotá el 16 de septiembre de 1908, a los 81 años de edad.