Ante la carencia de universidad pública en el Nuevo Reino de Granada, dos colegios fueron fundamentales para la enseñanza de los estudios seculares universitarios: el Seminario de San Bartolomé y el Mayor de Nuestra Señora del Rosario, fundados en la ciudad de Santafé, el primero por el arzobispo Bartolomé Loboguerrero en 1605 para educar a los individuos que ingresarían al clero secular, y el segundo por el arzobispo Cristóbal de Torres y Motones, el 18 de diciembre de 1653, para educar a los personajes seculares que ocuparían cargos públicos en el gobierno y la Iglesia.

Las cátedras universitarias de Artes o Filosofía, de Derechos Canónico y Civil, Telogía y Medicina se dictaban en los colegios, pero éstos carecían del permiso real para otorgar títulos intra claustro, por lo que los catedráticos y colegiales tanto bartolinos como rosaristas debían presentar los exámenes de grado en las denominadas universidades particulares, nombre que la corona española le dio al permiso o facultad para graduar y expedir títulos de bachiller, licenciado, maestro y doctor a las comunidades religiosas de dominicos y jesuitas, siguiendo el ritual de la Universidad de San Marcos en Lima. Los bartolinos concurrían a la Javeriana y los rosaristas a Santo Tomás.

Aunque aparentemente similares, los colegios tenían bien marcadas sus diferencias con base en sus estatutos. San Bartolomé, fue fundado como seminario y convictorio, el cual constituía "en los colegios de los jesuitas la habitación o parte de la casa en que vive la juventud, pagando alguna pensión, y se la enseña a leer gramática, etc.". Fue dirigido por la Compañía de Jesús hasta 1767 cuando Carlos III expulsó a la comunidad de los reinos españoles. Su rígida estructura impedía que los alumnos tuvieran injerencia en el manejo del colegio y los directivos eran religiosos nombrados por la misma Compañía de Jesús. El patrono fue el arzobiso de Santafé.

El Rosario fue un colegio mayor, es decir, "un centro docente de régimen de internado, que se caracteriza por la importancia de los privilegios de que goza, por estar acogido a la protección real y por requerir específicas condiciones físicas, intelectuales, económicas, morales y determinada procedencia regional de sus miembros", gobernado y dirigido por sus propios colegiales, quienes cada año elegían de entre ellos mismos el Claustro o cuerpo directivo (rector, vicerrector, consiliarios, maestro de ceremonias y procurador). Gozaba de los mismos honores y preeminencias del Colegio Mayor del Arzobispo Fonseca en Salamanca y tenían el rey como patrono. No pertenció a ninguna comunidad, el colegio eran los colegiales.

El Colegio Mayor del Arzobispo Fonseca en Salamanca y los otros cuatro colegios mayores se constituyeron en el instrumento ideal para entrar a formar parte del grupo de funcionarios que ocuparían los cargos burocráticos tanto en el gobierno como en la Iglesia, amparados y protegidos por la Corona. Ingresar a un colegio mayor era el camino más seguro para conseguir un cargo burocrático, por lo que se convirtieron en centros de poder. Y este fue el modelo que se trasplantó al Nuevo Reino de Granada con su exponente más representativo, el Colegio Mayor del Rosario, ya que, desde la licencia expedida por Felipe IV el 31 de diciembre de 1651, así lo estipuló, y luego reafirmó con otra cédula real expedida en 1664, cuando fueron aprobados sus constituciones o estatutos.

En ambos colegios el objetivo fundamental consistía en formar a los curas y burócratas descendientes de los conquistadores españoles, para lo cual las condiciones de ingreso que se exigían eran, para San Bartolomé, "que sean pobres españoles y de legítimo matrimonio, y de edad de por lo menos doce años; y que sepan bien leer y escribir; de buenas costumbres y habilidad" (Real Colegio Mayor y Seminario de San Bartolomé. Bogotá: Institutto de Cultura Hispánica, 1996). Así, se excluía claramente a la población indígena o mestiza.

En el Rosario, por ser mayor de estatuto y "por cuanto los colegiales que de presente constituyen el colegio son lo esclarecido en nobleza de que consta este reino", se debían presentar certificados de hidalguía y declaraciones de tres personas que testificaran: "lo primero, que todos los colegiales sean legítimos; y aún queremos que sean legítimos sus padres; lo segundo que sus padres no tengan oficios bajos, y mucho menos infames por las leyes del reino; lo tercero que no tengan sangre de la tierra y si la hubieren tenido sus progenitores, hayan salido de manera que puedan tener un hábito de nobleza y no de otra suerte; y lo cuarto que sean personas para el bien público" (Constituciones del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. Madrid: Juan Nougués, 1664).

A partir de 1767, cuando el monarca español secularizó San Bartolomé, éste dejó de ser exclusivamente seminario para dar inicio a la educación civil, instruyendo cada vez menos sacerdotes seculares y más funcionarios civiles. Hasta esa fecha había quedado claro que en las ceremonias formales, "en la iglesia metropolitana están divididos teniendo su asiento el colegio de San Bartolomé al lado del Evangelio, y el del Rosario al de la Epístola guardando también igual división en las conclusiones generales y actos literarios que tienen las dos universidades, y religiones". Igualmente, en la procesión por las exequias del rey Carlos II, el Rosario, "como mayor, llevará la mano derecha", dejando el lado izquierdo para San Bartolomé. Pero, en otra cédula real de 1704 se había ordenado: "que ambos colegios sean en todo iguales gozando recíprocamente el uno de los honores del otro".

Sin embargo, Carlos III ratificó por cédula real de 1768 que el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario era de estatuto "como los demás colegios mayores españoles". Ese honor no le fue concedido a San Bartolomé, pero de hecho empezó a funcionar, sin autorización para ello, como colegio de estatuto, exigiendo las rigurosas pruebas de nobleza e hidalguía para el ingreso de sus colegiales, las cuales tenían validez para obtener cargos públicos. Esto le garantizaba a los colegiales de San Bartolomé obtener altos cargos en el gobierno civil.

El sistema funcionó hasta 1826, cuando el vicepresidente Francisco de Paula Santander le canceló el permiso de otorgar grados académicos al convento de Santo Tomás. A partir de ese año, el gobierno asumió esta prerrogativa bajo el nombre de Universidad Central de Cundinamarca, entidad que fue instalada en San Bartolomé.

Desde 1820, Santander había fundado ocho colegios en las ciudades de Tunja, Medellín, Ibagué, Cali, Pamplona, San Gil, Vélez y Cartagena, los cuales funcionaron al igual que el Rosario y San Bartolomé como colegios universitarios, dependientes de la Universidad Central para obtener títulos académicos.