Chagoya habla en ocasiones de su obra en términos de "realidad virtual.., uno cree estar en la realidad, pero no es así". En su dialéctica de apariencia y realidad (donde "lo bonito enmascara lo horrendo"), lo "virtual" se refiere al sentido de la carencia de algo importante, sustituido por los iconos de la cultura pop, alegres en apariencia, que desfilan por su obra. Mantienen una lucha constante y secreta, y los marcos de tiras cómicas dibujados por Enrique son el amargo campo de batalla donde se enfrentan los bandos opuestos.

Su estrategia visual depende de recursos burlesco-serios, utilizados repetidamente hasta que se convierten en símbolos de amplios y recurrentes temas de opresión política, de imposición mediante estructuras corporativas, y de la situación de los emigrantes mexicanos y centroamericanos en los Estados Unidos. Emplea obvias insinuaciones -dramáticos cambios de escala y una continua yuxtaposición de opuestos- como estrategia para permitir que afloren otros significados más sutiles y subversivos, creando un ambiente de ironía que propala las imágenes más allá del nivel de la simple crítica y la opinión. Chagoya danza en la frontera del sacrilegio, entre burlón y serio, divertido y ominoso. A menudo, la frontalidad de la extrema opresión se apareja con la impresión oblicua de la presencia de un niño, o con un chiste o broma que rompe lo obvio, pasando "de parábola a enigma". De muchacho, en Ciudad de México, Chagoya solía alucinar transformando la iglesia en la arena de un circo, con los santos volando sobre su cabeza.