La cuenca del Magdalena – Cauca pocas veces se asocia a una gran biodiversidad, como la del Amazonas o la del Pacífico; sin embargo, tiene una gran variedad de ecosistemas.
A diferencia de otras cuencas en las que predominan uno o dos ecosistemas, la topografía de las cordilleras en Colombia hacen que haya una gran diversidad de ecosistemas, desde páramos, bosques secos, bosques lluviosos hasta ciénagas y pantanos, lo que propicia que la cuenca del Magdalena cuente con una gran variedad de flora y fauna.