En Caracas, Santa Fé, Cartagena, en todas partes se oye hablar de la nueva Filosofía; así es llamada la esencia de la nueva Física, Mecánica, Astronomía. La juventud americana está en un estado de efervescencia espiritual que no se conoce en España. Todos quieren sacudir las cadenas que los monjes imponen a la razón. Aún entre los monjes hay modernos... Mutis, quien ha tenido una influencia tan grande en la ilustración de esta región, fue el primero que se atrevió, en Santa Fé, 1768 a demostrar, en un programa, las ventajas de la Filosofía newtoniana sobre los peripatéticos y enseñó la primera públicamente como catedrático de matemáticas del Colegio del Rosario. Los dominicos, que juran sobre los escritos de Santo Tomás, quisieron acusarlo de hereje y denunciarlo a la Inquisición, pero sin éxito. Entonces, se preguntaba en Santa Fé quien sería ese Newton y hoy, 1801 yo mismo he visto en el convento de San Francisco una edición completa de las obras de Newton. Así cambian las costumbres. Desde entonces, se ven los escritos de Sigaud la Fond, Wallerius, Bergman, Ingenhousz, el diario de Roziero, termómetros y barómetros, en la casa de Mutis en Santa Fé; y entre la juventud aumenta cada día el gusto por los conocimientos de física. El Arzobispo Góngora dice en su Informe al Rey que es más útil medir montañas que defender el absurdo peripatético del ens y la qualitas. ¡Qué clase de Arzobispo! Pero otro Arzobispo, y que era posiblemente mas instruido que el mismo Góngora. Compañón. destruyó todo. La revolución que planeó la Audiencia, para ganar méritos ante la Corte, hizo perder la cabeza a todos. Se atribuyeron a la nueva Filosofía y al sistema copernicano los más revolucionarios pensamientos y el Arzobispo reunió una Junta en la que fue prohibida la nueva Filosofía con el castigo de Casación de los Catedráticos! Así desde 1794 hasta 1801. La juventud continuó estudiando por su cuenta y se burlaba del absurdo de los peripatéticos. En el verano de 1801 un hecho sorprendente.
El Padre Rosas, un afable monje del convento de San Agustín, con el cual viví en gran amistad, quiso defender públicamente en el convento el sistema copernicano. Los dominicos se alarmaron y el fiscal Blaja se opuso al sistema copernicano a causa del decreto de la Junta. El Virrey dejó la decisión del asunto a dos clérigos, entre los cuales uno era Mutis. Este demostró que el sistema de Newton y el copernicano no solo podían ser defendidos en hipótesis, sino también en tesis, que la Silla Apostólica nunca se había pronunciado contra Copérnico, que la sentencia de la Inquisición en Roma no tenía ningún peso en España, que era una ley provincial, y que la revelación no se extendía a las ideas sobre astronomía... El monje agustiniano defendió su tesis, para disgusto de los dominicos. En Popayán se ha seguido leyendo la nueva filosofía y nuevas esperanzas arden en Santa Fé, pues el Virrey autorizó a Mutis nuevos planes para los profesores de química, física, anatomía, fisiología y botánica. ¡El gobierno español ordenó desde Madrid, la extirpación de la filosofía peripatética, y nunca levantó la orden!
