En 1999, Muniz realizó sus primeras Nube Nube, nubes dibujadas en el cielo. Se trata de dibujos lineales sencillos de una nube, ejecutados en el firmamento azul por una avioneta de publicidad aérea. Más que dibujos, son pictogramas que representan la idea de una nube. Pero en el contexto del cielo, la relación entre imagen, idea y realidad se vuelve confusa.

Al igual que las obras de artistas representativos del land art como Robert Smithson, Muniz llevó a cabo su primera Nube Nube en un área despoblada del desierto de Arizona. Posteriormente, le invitaron a presentar en Nueva York el proyecto, que ha recreado en varias ocasiones y lugares—como por ejemplo Miami.

Los proyectos Nube Nube han abierto la obra de Muniz a un público totalmente nuevo. Muniz ha hecho siempre hincapié en el papel del espectador como algo esencial en el concepto mismo de arte. Aunque su intención era que el dibujo lineal de Nube Nube representara simplemente una nube, paradójicamente la gente ha visto en este un montón de imágenes distintas, como un sombrero o un guante de béisbol. La reacción del público demuestra el impulso de interpretar las nubes como formas que inspiró Equivalentes, la serie de 1993.